home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Pier Shareware 3 / The Pier Shareware Number 3 (The Pier Exchange) (1993).iso / 032 / gel_.exe / pak / GEL.DOC next >
Text File  |  1989-02-18  |  9KB  |  164 lines
  1.  
  2.                    Program GEL  :  Version 2/17/89 JRT         
  3.  
  4.      PROGRAM GEL takes a set of standard DNA fragment sizes and mobilities and 
  5. predicts the sizes of unknown fragments.  GEL applies a least squares fit to 
  6. the reciprocal relationship between mobility and fragment length originally 
  7. detailed by Southern (Anal. Biochem 100,319-323[79]).  This program is a Turbo 
  8. Pascal(tm) implementation of the FORTRAN program described by Schaffer and 
  9. Sederoff (Anal. Biochem 115,113-122[81]).  Please refer to those references 
  10. for complete details of the calculations performed by this program. 
  11.  
  12.      This version allows the user to edit individual standards and 
  13. recalculate without the need to re-enter unchanged data.  Additionally, 
  14. standard fragment data may be stored in and read from a disk file.  This menu 
  15. driven looping structure makes it easy to exclude obviously aberrant data and 
  16. re-calculate.  
  17.  
  18.      ASSESSING GOODNESS OF FIT:  As detailed by Schaffer and Sederoff the 
  19. goodness of fit can be judged by the parameter C(i) which is a constant and 
  20. should theoretically be the same for all samples (see exapmle output below).  
  21. Thus, samples with vastly different values for C(i) may logically be 
  22. questioned.  In addition, several summary statistics are reported.  The 
  23. Standard Deviation of C(i) values (reported as "SD(C)") provides an overall 
  24. measure of the goodness of fit for the whole curve and the value reported as 
  25. "SD(Dev)" provides a measure of accuracy in terms of fragment length (Standard 
  26. deviation of values in the size deviation column).  Finally, and perhaps most 
  27. practically, you may simply compare the real and predicted sizes of your 
  28. standard fragments to get a feeling for how good the fit is.
  29.  
  30. PROGRAM USAGE NOTES
  31.  
  32.      GEL is entirely menu driven and usage is largely self-explanatory.  Type 
  33. GEL at the DOS prompt to begin.  A main menu is presented and items are 
  34. selected by a single keystroke (see main menu below).  Some options have 
  35. suboptions requiring further responses.  The user is prompted at each level.  
  36. Normally, the user will select G or I options first to load a standard set. 
  37. Then select the C option to preview just the standard curve data or the U 
  38. option to enter mobilities for unknown fragment size prediction.  
  39.  
  40.      Program output is sent to the screen by default but may be directed to 
  41. printer or disk using the O option.  The O option redirects output from the 
  42. C and U functions only; all menu prompts still display on the screen. 
  43.  
  44. =========================================================================
  45. GEL : MAIN MENU                                                            
  46.  
  47.                                                                
  48.                                                                
  49.                    Select Function By First Letter             
  50.                                                                
  51.                    Documentation Screen                        
  52.                    Input standard fragments and mobilities     
  53.                    Get standards from a disk file              
  54.                    Edit standard curve data                    
  55.                    Save standard curve data to disk            
  56.                    Calculate standard curve                    
  57.                    Unknown fragment size calculation           
  58.                    Output Device Selection [Currently = SCREEN]
  59.                    Quit the Program and Exit to DOS            
  60.                                                                
  61.                    ?                                           
  62.                                                                
  63. =========================================================================
  64. SAMPLE OUTPUT
  65.  
  66.     STANDARD CURVE  : Program GEL  :  Version 4/14/87 JRT                  
  67.                                                                            
  68.      Std size  : Mobility : Pred. Size : Deviation :  %DEV  :  C(i)        
  69.       5241.000       3.03     5245.058      -4.058    -0.08     26082.97   
  70.       5070.000       3.11     5046.383      23.617     0.47     26173.47   
  71.       4257.000       3.46     4280.093     -23.093    -0.54     26012.10   
  72.       3510.000       3.89     3519.436      -9.436    -0.27     26057.64   
  73.       1995.000       5.17     1979.983      15.017     0.75     26176.19   
  74.       1880.000       5.30     1863.921      16.079     0.86     26183.95   
  75.       1584.000       5.63     1592.661      -8.661    -0.55     26045.72   
  76.       1350.000       5.95     1357.550      -7.550    -0.56     26049.75   
  77.        941.000       6.60      948.387      -7.387    -0.79     26045.94   
  78.        843.000       6.80      837.840       5.160     0.61     26131.94   
  79.                                                                            
  80.         M0 = -0.17186        L0 = -2905.20        C(Avg) = 26095.97        
  81.                                                                            
  82.                    SD(Dev) = 16.448                SD(C) =  64.39          
  83.     ===============================================================        
  84.                                                                            
  85.     UNKNOWNS SIZE PREDICTION                                               
  86.     Frag1: Size = 5322.14 For a Dist. of   3.00                            
  87.     Frag2: Size = 2140.56 For a Dist. of   5.00                            
  88.                                                                            
  89. =========================================================================
  90.  
  91.      Some effort has been made to anticipate and trap for user input errors.  
  92. You should find this Program difficult to crash accidently.  If a given output 
  93. file name already exists the program will simply append new information to the 
  94. bottom.  All numeric entry is trapped so that inappropriate responses are 
  95. simply ignored.  Most options allow you to return to the main menu without 
  96. changing anything in case an item is selected by mistake.  Typing Ctrl C will 
  97. terminate the program and return control to DOS. 
  98.  
  99. INSTALLATION OF PROGRAM GEL
  100.  
  101.      Program GEL will run on any Monchrome or Color hardware setup.  The 
  102. program is designed for an 80 column display.  To install the program simply 
  103. place the file GEL.EXE on your working disk.  For Hard Disk users the GEL.EXE 
  104. file should be placed in one of the sub-directories specified by the DOS PATH. 
  105. When placed in the DOS PATH, program GEL may be run from any directory.
  106.  
  107. COLOR CONFIGURATION
  108.  
  109.      Program GEL runs in monochrome mode by default.  If you wish to use 
  110. colors you need to add a single line to your AUTOEXEC.BAT file (usually found 
  111. in the root directory C:\).  Add the following line:
  112.      SET GEL=FGCOLOR:BGCOLOR
  113. Substitute the desired foreground color for FGCOLOR and background color for 
  114. BGCOLOR.  For example:
  115.      SET GEL=LIGHTCYAN:BLACK
  116. specifies lightcyan text on a black background.  
  117.  
  118. Allowed Background colors are:
  119. BLUE GREEN CYAN RED MAGENTA BROWN LIGHTGRAY
  120.  
  121. Foreground colors include the above colors as well as:
  122. DARKGRAY LIGHTBLUE LIGHTGREEN LIGHTCYAN LIGHTRED LIGHTMAGENTA YELLOW WHITE
  123.  
  124.  
  125. Update record:
  126.  
  127.      4/9/87  First version released for BIONET distribution.
  128.  
  129.     12/6/87  
  130.              Added traps for printer off line condition, bad input data files
  131.              and several other possible user errors.
  132.              Added support for color systems via DOS SET Command.
  133.              Modified for Turbo Pascal 4.0
  134.  
  135.     2/17/89  Corrected bug that cause garbage output if more than 24 unknowns 
  136.              were entered.
  137.  
  138.              Added a new feature to allow reading of unknown data from a text 
  139.              file.  File Format: Each line of the text file must contain a 
  140.              mobilty value, a space, and a Text label for the unknown (up to 
  141.              30 characters).  A mobilty value of 0 on a line by itself 
  142.              terminates the input.  Comments may be added below the data.  
  143.              This routine is not error trapped very well; Pressing the 
  144.              carriage return without entering a filename will cause a program 
  145.              crash.  Also, Omission of the zero "end of data" marker will 
  146.              cause a program crash as well.
  147.  
  148.              Program Gel now has space allocated for 23 Standards and 100 
  149.              Unknowns.
  150.  
  151.              Installation Note:  If you have used previous versions of Program 
  152.              Gel, you must delete the old program (GEL.COM) or it will 
  153.              interfere with the new program (GEL.EXE).
  154.                           
  155.  
  156. This program was Written by:
  157.  
  158.      John R. Thompson
  159.      7105 Hana Rd.
  160.      Edison, NJ 08817
  161.  
  162. Direct inquires/suggestions to JRT
  163. Email Address is WOOLFORD.THOMPSON@BIONET-20.ARPA
  164.